然而，受市場需求不足、行業競爭加劇以及船舶資產減值準備計提等因素影響，鳳凰航運業務毛利率持續下滑，虧損進一步擴大，2024 年度歸屬于上市公司股東的凈利潤為 -8,270 萬元。
鳳凰航運主要業務為干散貨航運及港航物流服務業，包括干散貨運輸、船舶代理、貨運代理、綜合物流；船舶租賃；船員勞務等。公司運輸主要采用自營、期租和程租（航次租船）的經營模式。
據鳳凰航運方面介紹，公司主業突出、經營穩健、財務健康，在滬深主板航運上市公司及全行業中有一定的競爭優勢。目前自有運力近 40 萬噸，運力規模與頭部航運企業相比差距較大。
公告披露，因鳳凰航運主要資產布局在國內（沿海與長江貨運市場），受競爭加劇影響，近兩年來所經營領域毛利率走低，導致公司主營虧損。公司已采取措施，啟動海輪內改外項目，加速公司資產出海布局，以改善內、外兩個市場資產結構，提高資產經營的毛利率。2024 年已完成一艘海輪的改造，并投入到遠洋市場的運營。
2024 年度，鳳凰航運運輸主業收入為 7.99 億元，整體毛利率首次轉為負值，同比下降 3.41%。其中，沿海運輸業務因運價跌破成本線，毛利率降至 -7.43%，同比銳減 8.49%，對公司整體效益造成顯著拖累。遠洋運輸業務得益于新增一艘自有外貿船投入運營，毛利率提升至 4.71%，表現相對穩健。
鳳凰航運方面表示，盡管公司通過市場拓展實現了運量與周轉量的增長，但受運價下跌及部分業務收入按凈額法確認的影響，整體呈現 " 增產增量不增收 " 的局面。
